Sembra che tu modifichi la variabile $link all'interno del ciclo foreach, quindi aggiungi item1 a $link, esegui il loop attraverso i suoi sottoelementi e torni alla prima iterazione e aggiungi item2 alla variabile...
sostituisci questo
$link .= "/".$category['url_nl'];
con
$insidelink = $link . "/".$category['url_nl'];
(e cambia il restante $link all'interno del ciclo in $insidelink)
Aggiunta:questo vale anche per $startingLevel. Non modificarlo, usa +1 in linea:
echo "<li>".$start." - ".$startingLevel +1.
"<a href='$link'>{$category['menu_nl']}</a> ($link)</li>\n";