Se hai un UNIQUE index o PRIMARY KEY definito su queste tre colonne, allora sì puoi REPLACE INTO esso. Aggiungi l'indice se non lo hai già:
ALTER TABLE session_table ADD PRIMARY KEY (`id`, `key`, `metadata`);
Se hai già definito un PK, crea un UNIQUE composito indice in queste colonne:
CREATE INDEX `idx_id_key_metadata` ON session_table (`id`, `key`, `metadata`);
Altro su MySQL CREATE INDEX sintassi
Ecco una piccola dimostrazione .