Aggiustato. Il motivo era dovuto al fatto che il percorso nel server B della CA non era corretto. Vale la pena notare che per risolvere questo problema ho provato una connessione al di fuori di PHP direttamente dal server A e si è verificato un errore "cattiva altra conferma della firma" - ho quindi caricato il certificato CA e ho scoperto che era vuoto. Riavviato il server, imposta i percorsi corretti sia in my.cnf che il server avvia la chiamata e tutto risolto. Vale davvero la pena provare la connessione diretta mysql in quanto dava un errore molto diverso che era molto più utile di quello PDO.
