MySql può eseguire il rollback di una transazione sql su più tabelle?

Sì, ma solo per le tabelle che supportano le transazioni. Per verificare se le tue tabelle sono compatibili, fallo

SELECT table_name
     , engine
  FROM information_schema.tables t
 WHERE t.table_name IN('Table1','Table2','Table3');

Se qualcuno di loro è MyISAM , non sono compatibili con le transazioni. Dovrai cambiarli tutti in InnoDB

ALTER TABLE [TableName] ENGINE=InnoDB;

Ma attenzione:MyISAM supporta alcune funzionalità che InnoDB non supporta, come le ricerche FULLTEXT.