Ho scoperto che PDO in molte situazioni/progetti è ancora più veloce dei moduli più nativi.
Principalmente perché molti modelli/blocchi costitutivi in una "applicazione PDO" richiedono meno codice guidato da script php e più codice viene eseguito nel compilato estensione e c'è una penalità di velocità quando si fanno cose nella sceneggiatura. Test semplici e sintetici senza dati e gestione degli errori spesso non coprono questa parte, motivo per cui (tra gli altri problemi come ad esempio la misurazione delle imprecisioni) penso che le conclusioni "10000x SELECT x FROM foo hanno impiegato 10 ms in più" mancano il punto il più delle volte.
Non posso fornirti benchmark solidi e il risultato dipende da come l'applicazione circostante gestisce i dati, ma anche i test sintetici di solito mostrano solo differenze così trascurabili che è meglio dedicare il tuo tempo a ottimizzare le tue query, il server MySQL, la rete, ... invece di preoccuparsi delle prestazioni grezze del PDO. Per non parlare della sicurezza e della gestione degli errori...