Mysql
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Come installare MySQL dal file batch?

Sospetto che %ProgramFiles% sta puntando alla cartella sbagliata.

Prova @echo %ProgramFiles% da un file per vedere in quale cartella sta cercando. Devi assicurarti che non sia nel Program Files x86 cartella.

Ho trovato anche questo link, forse può aiutarti?

Fonte:come ottenere i file di programma x86 env variabile?

MODIFICA

Per sicurezza, puoi provarlo con il percorso completo invece della variabile di sistema?

Così,

@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...

msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn

echo Configurating MySQL Server...

"C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\mysqlinstanceconfig.exe" 
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER 
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8

echo Installation was successfully

o anche

@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...

msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn

echo Configurating MySQL Server...
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\" <-- set folder first, then run executeable
mysqlinstanceconfig.exe
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER 
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8

echo Installation was successfully