executemany for MySQLdb errore per un numero elevato di righe

Potresti provare a impostare il max_allowed_packet parametro solo per una sessione :

sql ='SET SESSION max_allowed_packet=500M'
cursor.execute(sql)
sql = ...
args = ...
cursor.executemany(sql, args)

Se funziona, puoi lasciare il codice così com'è o modificare il tuo file my.cnf (sapendo che questo risolve il problema ExecuteMany).