Rispondo ancora a me stesso:
Alla fine abbiamo usato socketTimeout specificato per il driver MySQL in modo che il test di connessione non si blocchi.
Sembra che le connessioni TCP sottostanti siano finite in modo che non ci sia risposta dal server (TCP ACK o altro).
AGGIORNAMENTO:la soluzione finale è stata ottenuta fornendo tcpdump per il supporto AWS, hanno scoperto alcuni casi all'interno dell'infrastruttura AWS. Ci hanno consigliato di aprire l'intervallo di porte temporanee nel gruppo di sicurezza della nostra istanza EC2. Altre discussioni nel forum AWS .