Aggiorna query con LEFT JOIN , Variable e Autoincrement utilizzando MySQL

il tuo problema è con LPAD

LPAD è definito così

   LPAD(str, len, padstr) 

nella tua domanda dovresti usare così

 LPAD(id, 5, 0) 

nella tua richiesta LPAD(@var,5,'0') restituirà sempre 00001 come @var è 1