seleziona per aggiornare con MySQL distinto

UPDATE table AS t
  JOIN table AS tt
    ON t.initials = tt.initials
     AND t.surname = tt.surname
     AND t.company = tt.company
     AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;

Cioè, per ogni riga, aggiornala se esiste un'altra riga con id inferiore, con le stesse iniziali, cognome e azienda.

Ecco un sqlfiddle per questo.