Usa la funzione UNIX_TIMESTAMP.
SELECT (UNIX_TIMESTAMP(mydate)*1000) FROM...
UNIX_TIMESTAMP ti darà secondi e devi moltiplicare per 1000 per ottenere millisecondi.
Per riconvertire, usa la funzione FROM_UNIXTIME().
SELECT FROM_UNIXTIME(date_in_milliseconds/1000) FROM ...
Ancora una volta, devi dividere per 1000 per ottenere i secondi prima di utilizzare la funzione.