Più cicli PHP WHILE che utilizzano la stessa query

Chiamando mysql_fetch_assoc() recupera la riga successiva (ovvero, quella successiva che non hai già recuperato). Dopo aver recuperato tutte le righe, restituisce false . Quindi, una volta superato il primo ciclo, hai recuperato tutte le righe e tutto ciò che otterrai è false ogni volta!

Se hai bisogno di riutilizzare gli stessi dati due volte, che ne dici di metterli tutti in un array?

$rows = array();
while($row = mysql_fetch_assoc($affiliateID)){ 
    $rows[] = $row;
}

Ora puoi scorrere $rows quante volte vuoi:

foreach($rows as $row) { ... }