Questo funzionerebbe per te?
select
count(*)
from
`information_schema`.`columns`
where
`table_schema` = 'my_table_schema' and `table_name` = 'my_table_name';
Devi solo usare table_schema
se il nome della tabella esiste in più di un database.
In base al tuo commento di risposta, stai cercando di contare un numero dinamico di colonne. Potresti essere in grado di farlo con una tabella temporanea, ma non puoi accedere ai dati di una tabella temporanea senza possibilmente installazione di una patch .
Da notare, c'è una domanda SO in sospeso simile chiedendo come selezionare le colonne da una tabella temporanea.