Questa è una limitazione tradizionale di MySQL Workbench. Non puoi aprire 2 modelli contemporaneamente in una singola istanza di MySQL Workbench. Su alcune piattaforme (come Windows) puoi comunque aprire più istanze (fai solo attenzione quando cambi impostazioni, connessioni ecc. poiché sono condivise tra tutte le istanze, l'ultimo salvataggio vince).
Su Windows potrebbe essere necessario abilitare prima più istanze modificando l'impostazione in Edit > Preferences > Others (tab) :
