Come accennato da Juergen, potresti farlo a livello di sistema anziché a livello di sessione apportando le seguenti modifiche (o aggiungendo) nel file my.ini:
auto-increment-increment = 2
auto-increment-offset = 1
o
auto-increment-increment = 2
auto-increment-offset = 2
Fondamentalmente questo è molto utilizzato nella configurazione della replica Master-Master.