La domanda riguarda davvero come normalizzare i dati quando si prevede che ci siano duplicati. E poi evita di "bruciare" gli ID.
http://mysql.rjweb.org/doc.php/staging_table#normalization discute un processo in 2 fasi ed è finalizzato agli aggiornamenti di massa dovuti all'importazione ad alta velocità di righe. Degenera in una singola riga, ma richiede comunque i 2 passaggi.
Passaggio 1 INSERTs
qualsiasi nuovo righe, creando nuovi ID auto_inc.
Il passaggio 2 estrae gli ID in blocco.
Si noti che il lavoro viene svolto al meglio con autocommit=ON e al di fuori della transazione principale che sta caricando i dati. Ciò evita una causa aggiuntiva per la masterizzazione di ID, ovvero potenziali rollback.