Per questo caso particolare, il problema è stato risolto con le seguenti modifiche:
1) Ho impostato le regole di confronto iniziali durante la creazione del database di destinazione su utf8_general_ci ,
2) Ho trasferito il file in modalità testo tramite WinSCP,
3) ho aggiunto SET NAMES 'utf8' COLLATE 'utf8_general_ci'; all'inizio del dump di sql.
