Sono riuscito a scaricare lo schema incorporato. L'ho preso da una pagina di suggerimenti di Amarok
libmysqld.dll consente di utilizzare mysql nel programma senza configurare un server o caricare un demone. Inoltre crea gli stessi file del server (directory mysql, directory dello schema e file ibdata1). Quindi ho messo quei file in una directory e ho detto a mysqld linux deamon di usare quella directory come datadir:
mysqld_safe --user=mysql --datadir=/data/myEmbededDB --skip-grant-tables
--skip-grant-tables consentirà di connettersi con qualsiasi utente o password
Poiché il server punta a quella directory ora posso scaricare lo schema incorporato con mysqldump proprio come qualsiasi altro schema mysql. Lo stesso vale se si desidera utilizzare WorkBench con uno schema creato con libmysqld.dll
Spero che questo aiuti altri utenti confusi di libmysqld.dll
:-)