Aumento del wait_timeout
e/o interactive_timeout
dovrebbe aiutare. Per prima cosa controlla il valore corrente:
C:\> mysql -hlocalhost -uroot -proot
mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'wait_timeout';
Se questo è molto basso (es. 30 secondi), aumentalo (es. 5 minuti):
mysql> SET SESSION wait_timeout = 300;
mysql> SET SESSION interactive_timeout = 300;
Quindi esegui il tuo file SQL:
mysql> \. database.sql