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La chiave specificata era troppo lunga; la lunghezza massima della chiave è 767 byte - ASPNet Identity MySQL

Ho trovato la risposta da solo.

Il problema riguardava il nome utente e l'e-mail nella tabella utente. E poi il Nome nella tabella dei ruoli.

Ho aggiunto una lunghezza massima per tutti e tre nella mia classe IdentityModel. Eccolo:

    [DbConfigurationType(typeof(MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration))]
    public class ApplicationDbContext : IdentityDbContext<ApplicationUser>
    {
        public ApplicationDbContext()
            : base("CaptureDBContext", throwIfV1Schema: false)
        {
        }

        public static ApplicationDbContext Create()
        {
            return new ApplicationDbContext();
        }
        protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
        {
            base.OnModelCreating(modelBuilder);
            modelBuilder.Entity<ApplicationUser>().Property(u => u.UserName).HasMaxLength(255);
            modelBuilder.Entity<ApplicationUser>().Property(u => u.Email).HasMaxLength(255);
            modelBuilder.Entity<IdentityRole>().Property(r => r.Name).HasMaxLength(255);
        }
    }
}

Oh, e aggiungendo il DbConfigurationType essere MySQL risolve il problema della tabella della cronologia della migrazione (lo sapevo già).

Sfortunato fan dei musi