Stai inserendo in DB solo una risposta, l'ultima. Inoltre, puoi preparare i dati e inserire tutte le risposte con una sola query:
public function store(Request $request)
{
for ($i = 1; $i < count($request->en_answer); $i++) {
$answers[] = [
'user_id' => Sentinel::getUser()->id,
'en_answer' => $request->en_answer[$i],
'question_id' => $request->question_id[$i]
];
}
EnAnswer::insert($answers);
return redirect('submitted')->with('status', 'Your answers successfully submitted');
}