Come combinare due query di aggiornamento con condizioni where diverse

Puoi usare l'espressione CASE in questo modo:

UPDATE Special_quota 
set Status = CASE WHEN User_ID IN('1','2','3') then 1 else 0 end,
    additional_msg_quota = CASE WHEN User_ID IN('1','2','3') then 30 else 0 end