mysql:scorre le tabelle e altera la tabella aggiungi l'indice

Dimentica il loop. Basta fare questo:

select concat( 'alter table ', a.table_name, ' add index `fields` (`field`);' )
from information_schema.tables a 
where a.table_name like 'table_prefix_%';

Quindi prendi il set di risultati ed eseguilo come uno script SQL.

A proposito, probabilmente intendi create index index_name on table_name( column_name);