La stringa contiene "\r\n" (come in 0x0D 0x0A) o la stringa letterale '\r\n'? Se è il primo, questo dovrebbe rimuovere tutte le nuove righe.
$json = preg_replace("!\r?\n!", "", $json);
Facoltativamente, sostituisci il secondo parametro "" con "
" se desideri sostituire le nuove righe con un tag br. Per quest'ultimo caso, prova quanto segue:
$json = preg_replace('!\\r?\\n!', "", $json);