Probabilmente stai eseguendo richieste ajax, questo è un problema comune...
Ti suggerirei di utilizzare il database di sessione ed effettuare chiamate ajax per non aggiornare la sessione...
Fai questo sulla tua lezione di sessione
class MY_Session extends CI_Session {
public function sess_update()
{
$CI =& get_instance();
if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
{
parent::sess_update();
}
}
}