Quando utilizzi le offerte Amazon RDS (incluso Aurora), non ti connetti al database tramite alcuna API AWS (incluso Boto). Invece useresti il client nativo del database scelto. Nel caso di Aurora, ti connetteresti utilizzando il client MySQL Command Line. Da lì, puoi interrogarlo come qualsiasi altro database MySQL.
C'è una breve sezione della documentazione "Guida introduttiva" che parla della connessione al database Aurora:
Connessione a un cluster di database Amazon Aurora
