L'hai chiesto molto tempo fa, quindi forse questo non è più rilevante per te, ma includerò un modo per farlo qui a beneficio degli altri.
In Workbench apri le tue proprietà di connessione. Nella scheda Connessione, seleziona la scheda Avanzate. In essa aggiungi le seguenti due opzioni alla sezione Altri (ovviamente cambia la posizione readDefaultFile nella posizione del tuo my.ini).
readDefaultFile=C:\Programmi\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=client
Ora l'apertura delle connessioni dovrebbe leggere la sezione client da quel my.ini come richiesto.
