MySQL sta semplicemente convertendo le stringhe in numeri nel miglior modo possibile, in modo da poter eseguire operazioni matematiche su di esse. In questo caso, elimina tutti i due punti, i trattini e gli spazi non numerici.
Prova questo:
SELECT (20110413155959 - 20110413160000) AS dates;
Le tue date, senza tutto ciò che impedisce loro di essere numeri:il risultato è -4041
