Query MySQL con JOIN che non utilizza INDEX

Non sono assolutamente sicuro, ma considera di spostare la condizione da WHERE condizione per JOIN ON condizione poiché stai eseguendo un join esterno (LEFT JOIN ) fa la differenza in termini di prestazioni a differenza di inner join dove la condizione sia su where o join on clausola è equivalente.

SELECT COUNT(1) AS clicks 
FROM clicks AS c 
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id 
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00' 
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');