Come altri hanno già detto, dovresti davvero usare PDO. Ma, per rispondere alla tua domanda, mysql_num_rows è la tua soluzione.
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());
if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database
