Sono d'accordo con cgwyllie, dovresti scrivere un servizio web che fungerà da API per il tuo database con metodi che restituiscono JSON (o XML).
I metodi del servizio web possono quindi essere chiamati dal tuo progetto PhoneGap (ti consiglio di dare un'occhiata a jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Scriverei semplicemente il servizio web in PHP o in qualsiasi lingua tu abbia familiarità.
