SQLNonTransientConnectionException Connessione con MySQL in Eclipse

Prova questo:

// None of this belongs in a main method. 
public static void main(String[] args) throws Exception {
    Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");     
    // where are url, user, pass set?  I don't see them.   
    Connection conn = DriverManager.getConnection(url, user, pass);
    Statement stmt = conn.createStatement();
    // this is simply wrong.
    String mysql1 = "UPDATE Policy SET " + readAndArray("filepath");
}

Non conosci Java e JDBC. Questo non è un buon modo per farlo. Ti consiglio di cercare sul Web e SO per alcuni esempi su come farlo meglio.