Questo non è possibile con RDS.
Puoi "fingere" convertendo le tabelle che non vuoi replicare in Engine=Blackhole, tuttavia devi modificare il tuo gruppo di parametri e impostare "sola lettura" su 0, invece del valore predefinito "{TrueIfReplica}".
In alternativa, dovresti eseguire il tuo server slave su EC2 con il server RDS come master (questo è possibile se stai eseguendo MySQL 5.6 su RDS, ma non 5.5 o versioni precedenti), tuttavia è estremamente complicato da configurare.