Come incrementare un campo in MySql usando SU AGGIORNAMENTO CHIAVE DUPLICATA quando si inseriscono più righe?

Esattamente allo stesso modo!

INSERT INTO table 
  (a, counter_elem) 
VALUES 
  (1, 1),
  (2, 1)
ON DUPLICATE KEY UPDATE counter_elem = counter_elem + 1;

Non ci sono problemi!