Il modo più semplice per farlo è probabilmente disabilitare i controlli della chiave esterna, quindi troncare le tabelle. Poiché le chiavi esterne sono disabilitate, l'ordine in cui tronchi le tabelle non ha importanza.
set foreign_key_checks = 0;
truncate table parent;
truncate table child;
truncate table ...
Puoi persino utilizzare information_schema per generare le istruzioni della tabella tronca per te. Qualcosa del genere:
select concat('truncate table ',table_schema,'.',table_name,';') as sql_stmt
from information_schema.tables
where table_schema = 'your_schema_name'
and table_type = 'base table';
