Ho avuto lo stesso problema anche durante l'installazione di una nuova versione di mysql5.5, ma l'ho risolto.
Se segui il percorso in cui è stato installato mysql, in Windows il tuo sistema Windows, "c:\mysqlinstalllocation\bin" puoi eseguire la query mysql da questa directory, ma se hai già aggiunto il comando mysql all'opzione del percorso in Windows , nelle variabili di ambiente, che ti aiuteranno a eseguire comandi personalizzati dalla riga di comando, puoi eseguirlo direttamente da qualsiasi directory nel prompt dei comandi.
Basta aggiungere il comando "skip-grant-tables" sotto l'intestazione [mysqld] nel file mysql.ini e assicurarsi di riavviare il server dopo averlo fatto ed eseguire mysql, funzionerà. A questo punto effettuerai il login senza alcuna password, quindi è consigliabile a questo punto eliminare la password, in modo da poter accedere facilmente dopo aver decommentato il comando skip-grant-tables"
E dopo aver rimosso la password dall'utente root, assicurati di rimuovere il comando "skip-grant-tables" o commentalo con #, quindi riavvia il server. Funzionerà.
Ora puoi accedere senza alcuna password, eseguire il comando grant e impostare la password che preferisci.