Ecco la soluzione,
di seguito è riportato il contenuto del file manifest.txt
Main-Class: filename
Class-Path: . mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar
Il connettore mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar deve trovarsi nella stessa directory in modo che il file jar lo includa.
Questo connettore può essere facilmente scaricato o può essere trovato nella cartella mysql sotto i file di programma
Dopo questo dal cmd, il comando deve essere eseguito
jar -cvfm jarfilename.jar manifest.txt *.class
Verrà creato un nuovo file jar basato sul file di classe e sul manifest, quindi può essere facilmente eseguito con un doppio clic e il server risponderà come in modalità cmd.