Vedo due possibili soluzioni per il tuo problema:
Bypassa l'ENTRYPOINT per l'immagine MySQL
Trova il nome della tua immagine eseguendo docker images quindi esegui:
docker run -it --entrypoint="/bin/sh" OPTIONS image
Questo dovrebbe portarti alla bash all'interno del contenitore e da lì puoi eseguire tutti i comandi che vuoi per trovare il tuo my.cnf file. Anche se non so se la modifica del file da lì, salvalo e prova a eseguirlo di nuovo funzionerà. Non ho provato.
Elimina la vecchia immagine e usa il modo corretto per modificare my.cnf file
Trova il nome della tua immagine eseguendo:docker images e quindi eliminalo eseguendo docker rmi <image_name>
Controlla i documenti per le immagini MySQL predefinite su MySQL Dockerhub è abbastanza diretto su questo e cito:
Da quel momento e se crei il my.cnf file sul tuo host, non incontrerai mai più questo problema poiché puoi modificare il file tutte le volte che vuoi.
