Come ottenere il valore dalla casella del prompt di Javascript e passarlo nella variabile PHP per poterlo salvare in SQL?

Puoi inviare il valore all'input nascosto nel modulo e inviarlo.

function MyReason(){
    var reason = prompt("Reason");
    document.getElementById("reason").value = reason;
    document.getElementById("form").submit();
}

<form id="form">
    <input type="hidden" id="reason" />
</form>