Dovresti creare una riscrittura mod che abbia preso la prima directory e l'abbia passata come parametro $_GET.
Prova questo:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^(.*)/$ index.php?user=$1
Ciò dovrebbe riscrivere qualsiasi cosa dopo '/' come index.php?user=directory