Un modo consigliato per gestire i download di file tramite PHP (o qualsiasi altro script) consiste nell'usare la cosiddetta intestazione di risposta 'X-Sendfile'.
Lo script PHP gestisce l'autenticazione e una volta convalidato imposterà alcune intestazioni di risposta insieme a un 'X-Sendfile' che dice al server web di consegnare un file; lo script termina e subentra il server web.
Vedi qui per un semplice esempio:
http://www.jasny.net/articles/how- i-php-x-sendfile/
