Assicurati che la directory dei dati disponga di autorizzazioni complete impostate per gli utenti "Servizio di rete" e Amministratore e di avere virgolette attorno al nome della directory se sono presenti spazi in essa. Assicurati che basedir sia impostato/non commentato.
Ho testato queste cose cambiando la directory dei dati, che ha causato nuovamente l'errore che hai descritto sopra, quindi ho corretto i permessi della directory dei dati appena creata per eliminare l'errore. Posso passare avanti e indietro ora modificando la directory di dati che commento. (solo come test, altrimenti è una pazzia).
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.7\my.ini Dovrebbe essere qualcosa del genere, usando il server Windows 2012 R2 per testare:
# Path to installation directory. All paths are usually resolved relative to
this.
basedir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.7/"
# Path to the database root
# datadir="C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 5.7/Data"
datadir="d:/ProgramData/Data"
