Se il tuo processo MySQL è in esecuzione, interrompilo. Su Debian:
sudo service mysql stop
Vai alla tua cartella dati. Su Debian:
cd /var/lib/mysql/$DATABASE_NAME
Prova a correre:
myisamchk -r $TABLE_NAME
Se non funziona, puoi provare:
myisamchk -r -v -f $TABLE_NAME
Puoi riavviare il tuo server MySQL. Su Debian:
sudo service mysql start