Installa il pacchetto php55-mysqlnd . Credo che questo fornirà supporto MySQL a PDO.
Modifica:per il supporto PHP 5.6, il pacchetto è php56-mysqlnd .
Per il supporto PHP 7.0, il pacchetto è php70-mysqlnd .
Per il supporto PHP 7.1, il pacchetto è php71-mysqlnd .
