Come posso utilizzare una riga dell'istruzione mySQL SELECT IF per UNIRE un'altra tabella?

Dovrai duplicare il IF chiama lì. Ad esempio:

SELECT
    name,
    IF(apple = 'brown', color1, color2) AS ripeness
FROM
    apples
    JOIN apple_type ON apple_type.color = IF(apple = 'brown', color1, color2)