Direi che puoi inserire più indici nella proprietà indexes (ma non ho avuto il tempo di testarlo):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Spero che questo ti aiuti
