La soluzione alla fine era semplice.
Esporta da MySQL 5.5. (il file di esportazione è 114 GB)
Disinstalla MySQL 5.5 (rimuovi tutti i file di dati)
Installa MySQL 5.6
Importa dati
Esporta da MySQL 5.6 (il file di esportazione è ora 13 GB)
Disinstalla MySQL 5.6 (rimuovi tutti i file di dati)
Installa MySQL 5.6
Importa dati
