Probabilmente useresti un IN clausola nel tuo DELETE :
DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)
Questo potrebbe essere implementato con String.Join metodo per generare l'elenco:
var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
String.Join(",", myArray) + ")";