Anche se non l'ho mai fatto da solo, ho letto e guardato tutorial a riguardo. Il tutorial può essere trovato qui e quello in particolare è etichettato "Integrating Flex with PHP using XML" ed è in fondo alla pagina.
http://www.adobe.com/devnet/flex/videotraining/
Descrive sostanzialmente come utilizzare HTTPService di Flex per interagire con uno script PHP. Questo script PHP può essere utilizzato per comunicare direttamente tra la tua applicazione flash e il tuo database mysql utilizzando GET e POST vars.