La tua versione di MySQL è 5.5 o inferiore credo.
MySQL 5.7 supporta i secondi frazionari per i valori TIME, DATETIME e TIMESTAMP, con una precisione fino a microsecondi (6 cifre):
CREATE TABLE t1 (t TIME(3), dt DATETIME(6));
Il valore fsp, se specificato, deve essere compreso tra 0 e 6. Un valore pari a 0 indica che non esiste una parte frazionaria. Se omessa, la precisione predefinita è 0. (Questo differisce dall'impostazione predefinita SQL standard di 6, per compatibilità con le versioni precedenti di MySQL.)